「夏の思い出、ゲットだぜ！ 25周年ポケモン映画祭」が本日より開催

世界で一番美しい町といわれる水の都「アルトマーレ」。そこでサトシは不思議な技を持つポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。ラティオスは兄、ラティアスは妹でとても仲がよく、この町の秘宝「こころのしずく」を守っていた。

この秘宝をねらう怪盗姉妹ザンナーとリオン。彼女たちが起こした事件に巻き込まれるサトシとピカチュウたち。隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われる。奪われた「こころのしずく」を取り返す為、サトシとピカチュウが水の都を駆け抜ける！

千年に1度、7日間だけあらわれるという千年彗星がよく見える「移動遊園地・ポケモンパーク」でサトシたちはバトラーという人気マジシャンに出会う。
そして、マジックショーの中、マサトだけにアシスタントのダイアンが持つ"眠り繭"（ねむりまゆ）の声が聞こえてきた。それは千年に1度目をさまして願いを叶えてくれるという幻のポケモン"ジラーチ"の声だった。まもなくジラーチはマサトの手の中で千年の眠りから目覚める。サトシたちの喜びをよそに、バトラーは自らの野望のためにジラーチを利用しようとたくらむのであった。

次のポケモンコンテストに参加するため、アラモスタウンへやってきたサトシたちは、町でアリスというかれんな女性とであった。アリスに町のランドマークである「時空の塔」や水と緑がゆたかな美しい庭園に案内され、すっかり観光気分のサトシたちだったが、そこで一行は、何者かによって庭園があらされているのを発見する。
そこへやってきたのは、この町の有力者アルベルト男爵。庭園をあらしたのは、幻のポケモン・ダークライのしわざにちがいないと自信ありげに語るアルベルト。やがて不気味な影の中から、サトシたちの前にダークライがこつぜんとそのすがたをあらわしたのだった。