物語は、前作「F.E.A.R.」のエンディングの少し前から始まります……。

　主人公・ベケットが配属された特殊部隊「DeadEcho」は、アーマカム・テクノロジー・コーポレーション（ATC社）社長のアリスティドの護送作戦の任にあたることとなった。

　しかし、かねてよりアリスティドが推し進めた計画「オリジン計画（PROJECT ORIGIN）」^*1に危険を感じていたATC社理事会は、武装集団を使いアリスティドの抹殺作戦を遂行した。

　特殊部隊「DeadEcho」と武装集団との交戦。そこでベケットが目にしたのは幻影少女「アルマ」。アルマの幻影を追うベケットは、そこで核爆発にも似た大爆発に遭遇することに……。

　目が覚めると病院施設。そこでベケットは謎の男からの無線により、軍が施設を爆破しようとしている事を知る。

　もう1つの計画とは……。

　想像を絶する能力と復讐への渇望を持った幻影少女アルマ……。

　アルマによって次々と殺されていく「DeadEcho」の隊員たち。ベケットはアルマの持つ不思議な能力と戦い、そして自分が持つ能力に気付かされ始める。

　そして、その先には想像を絶する真実が待ち受けていた……。

※1……「オリジン計画」とは、もともとアルマのDNAを使い、レプリカ兵士の指揮官を作ることであった。しかし、精神的な能力が遺伝子的な要因であるとは確信が持てなかった。そのため、プロジェクトは変更され、アルマは遺伝子工学により操作されたプロトタイプの人為的出産を強制されることに。しかし、オリジン計画研究者の間で「Synchronicity Event」と呼ばれる、研究者が暴走し数名の職員を殺してしまうという事件が起こる。それにより、計画は中止され、施設も閉鎖されてしまう。