特定のアイテムを入手することでスコアアタックでプレイ可能になるチャレンジマップ。それ以外に、すれ違い通信で交換できる専用のすれちがいチャレンジマップが10種類以上用意されている。ちなみに、すれ違いチャレンジマップは、アーケード版「SHINOBI 忍」と同様のライフ1のハードなルールで挑戦する