“シン”とともに消えてしまった「キミ」の手がかりを探すためスフィアを探すユウナ。平和になったはずの世界だったが、ヌージをリーダーとする「青年同盟」、バラライをリーダーとする「新エポン党」、ギップルをリーダーとする「マキナ派」などのグループが作られ、それぞれが主義主張をぶつけあっていた