ソ連のアフガニスタン侵攻以来、冷戦は新たな局面に移行していた。
1984年、隻眼に義手の男がそのアフガニスタンに現われる。
スネークと呼ばれるその男は、過去に米国の非政府諜報機関サイファーにより、歴史の表舞台から消された伝説の傭兵だった。
昏睡から目を覚ましたばかりの彼を襲撃者から救い、アフガンへと導いた工作員「オセロット」は言う。
スネークのかつての相棒カズヒラ・ミラーがソ連に囚われている。
彼を単独で救出することで伝説の傭兵の復活を世界へ示せ、と。
それは9年前、彼らの仲間を惨殺したサイファーへの復讐へと続く、世界を股にかけた戦いの始まりだった。
「グラウンド・ゼロズ」を経て、「V」本篇がここに結実する
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