シンの脅威が消え去って2年。ユウナは、「永遠のナギ節」と呼ばれる平和な時代を迎えたスピラで平穏に暮らしてきた。ティーダに似た青年が映るスフィアをきっかけに、スフィアハンター「カモメ団」のメンバーとなり旅立つ