九尾とのボスバトルで新システム「究極の決断」が発生。豪傑と英雄ルートのどちらかを選択してプレイする。ここではナルトが九尾と戦うにあたり、キラービーの協力を受けるか否かを選択。1人で戦う場合は難易度が高まり豪傑ポイントを、協力を受ける場合は難易度が下がり英雄ポイントを獲得できる。