ゲームを進行していくと一緒に調査をするパートナーを選択することもできるようになる。毛利蘭、少年探偵団、阿笠博士など、様々なキャラクターが特徴を活かした活躍でコナン君を助けてくれる。さらに、選んだパートナーによってシナリオが分岐。また、ゲームを進めていくと、下画面の「?」アイコンが発明品アイコンに変化。その場の状況にあった発明品を選ぶことで、物語が進行する※画面は開発中のものです。(C)青山剛昌/小学館・読売テレビ・TMS 1996 (C)2011 NBGI