神々に愛されし地、エオルゼア。

クリスタルの力豊かなこの地を狙い、
北方の大国「ガレマール帝国」が侵略を開始した。

一方、エオルゼアの都市国家群は、
それぞれが自都市の軍事・経済の総力を結集させた統合司令部
グランドカンパニーを創設し、戦乱の時代に備えた。

だが、ガレマール帝国の将、ネール・ヴァン・ダーナスが
狂気の内に破滅的な作戦を実行に移す。

メテオ計劃……。
古代アラグ帝国の遺物である月の衛星「ダラガブ」を、
「大地に星を招く古代魔法メテオ」に見立てて落下させることで、
エオルゼアを焦土と化す恐るべき作戦である。

この危機に対し、各国のグランドカンパニーは
互いに手を取り合い、エオルゼア同盟軍を発足。

冒険者たちはエオルゼア同盟軍の呼びかけに応じ、
メテオ計劃の首謀者であるネール・ヴァン・ダーナスを倒すが、
「ダラガブ」の衝突は、もはや避けられなくなっていた。

かくしてエオルゼア同盟軍は、
学術都市「シャーレアン」から来たりし賢人、
ルイゾワ・ルヴェユール師を軍師として招き、
エオルゼアで信仰されている十二神の力を顕現させ、
「ダラガブ」を天へと退ける秘術の敢行に乗り出す。

だが、十二神召喚を成すには、
「ダラガブ」落着点で術を執り行う必要がある。
落着点は、エオルゼア中央部のカルテノー平原。

彼の地には、狂信的なネール配下の帝国軍第VII 軍団が、
真の目的を告げられず、ただ「その場を死守せよ」との命を受け陣取っていた。

かくして、カルテノー平原において、
冒険者を加えたエオルゼア同盟軍とガレマール帝国軍がぶつかり合う決戦が巻き起こる。
激しい戦いの最中、エオルゼアに迫った「ダラガブ」に異変が生じ、
「ダラガブ」の外郭が砕け、その内部より古代の蛮神、バハムートが出現。
「メテオ計劃」の真の目的とは、この古代の蛮神を甦らせることにあったのである。

数千年の時を超えて、現代へと甦ったバハムートは荒れ狂い、
メガフレアの炎を発し飛翔する。

ルイゾワが十二神の力を顕現させ自らの軍勢を守護し、
そしてバハムートを再封印して天へと還そうと試みるも、
蛮神の強大な力の前に、あと一歩のところで失敗に終わる。

最後の破滅の瞬間……
ルイゾワは十二神の一柱、時と空間を司る神「アルジク」の力を用いて、
一握りの冒険者を、次元の狭間へと送り出す。

新生の未来へと希望を託すために。