司令官シナリオでは、シャア（逆襲のシャア）編、ドズル編、ティアンム編があり、艦隊や基地などといった大規模な戦力を率いて戦うことができる。権限は限定されているが、ゲーム開始時から多数の部隊を操作できる。また、進行によって総帥に就任できるシナリオもある※画面は開発中です。(C)創通・サンライズ
