セットアップではミッションに合わせて使用するユニットを決定したい。多くの敵機が出てくるミッションでは火力が高いながらも弾数の多いウェポンを持つ「蜃気楼」、対ボス戦では短期決戦に強い「∀ガンダム」など、ミッション内容に合わせてユニットを使い分けることで難易度は大きく変化する
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