「HARD」の全ステージをクリアすると遊べる「ウォーモード」。赤いマークが敵軍の位置で、ここに母船を移動させるとバトル開始となる。戦闘中は敵が落とす緑色の破片を集めることで、生産できる味方ユニットの種類が増やせる