舞台となる「パシフィック シティ」。謎のウィルスが蔓延し「フリーク」と呼ばれるミュータントが跋扈している。さらには「セル」というテロリスト集団まで出現。正義の味方「エージェント」の活躍で平和を取り戻せ!