主人公のジロー・ムサシ。自然界と深く調和し、天才的な素質を持つ朧流忍者。若くして一族の当主となったが、ZEEDの襲撃をきっかけに未来の世界に現われる

　時は鎌倉、朧流の忍の里。師範とともに修行に励む若き当主ジロー・ムサシに、ZEEDの忍軍が襲いかかった。ジローは敵の本陣を叩くべく雪山に向かうが、青い光の大爆発に巻き込まれ姿を消してしまう。

　意識を失ったジローを熱帯雨林で収容したのは、サラ・クリーガー大佐が率いる特殊戦闘部隊。ジローは西暦2056年のZEEDアイランドに忽然と現われたのだった。

　意識を取り戻したジローは特殊部隊から逃れるが、すぐさまZEEDに攻撃される。見知らぬ未来の世界に現われたジローにとって、唯一なじみのあるものこそZEEDとの戦いだった……。